Narodil se kolem poloviny 14. století v Pomuku (později Nepomuk) v Čechách. V letech 1369-1380 byl veřejným notářem a zároveň pracoval v úřadě generálních vikářů. Po vysvěcení na kněze byl farářem u sv. Havla (1380-1390) a kanovníkem kapituly u sv. Jiljí (1382-1389) a na Vyšehradě (1389-1393). Arcibiskup Jan z Jenštejna ho jmenoval svým generálním vikářem (1389-1393). Když vyvrcholilo napětí mezi králem Václavem IV. a arcibiskupem, stál na straně arcibiskupa a hájil svobodu a nezávislost církve na králové zvůli, zatímco král se snažil ovládnout církev a získat na svou stranu část vyššího duchovenstva. Byl podroben výslechu a mučení za osobní účasti krále. Jeho tělo bylo 20.03.1393 vhozeno do Vltavy, potom prozatímně pohřbeno a později (snad 1396) přeneseno k pohřbení do katedrály. V následujících letech se začalo mluvit o další příčině jeho mučednické smrti, že totiž nechtěl porušit zpovědní tajemství. V r. 1721 byl prohlášen za blahoslaveného a r. 1729 za svatého.
O mučení sv. Jana Nepomuckého se nám zachovalo očité svědectví od arcibiskupa Jana z Jenštejna, které adresoval papeži Bonifácovi IX. roku 1393 jako svou stížnost: „Na následující den mi určili termín, kdy se mělo prostřednictvím královské rady jednat o urovnání a smíření s králem, moravským markrabětem a královským komorníkem. S mými rádci mě předvedli před krále k uzavření konečného míru. Jak jsem tam byl se svými vikáři a s jinými, král zrušil dohodu, jejíž uzavření svěřil své řadě, a řekl, že s onou dohodou a smířením není spokojen. A pravil toto: „Ty, arcibiskup, vylučuješ z církve mé úředníky bez mého vědomí a potvrdil si kladrubského opata!“ A mnoho jiných výhrůžek řekl mistrovi mé kurie: „Odstup ode mne, neboť ti rázem dám srazit hlavu!“ Pak se podíval na ti, co mě provázely, a řekl: „Tito čtyři zatkněte!“ – totiž mého oficiále Mikuláše Puchníka, doktora církevního práva, mého vikáře Jana, míšeňského probošta mého kanovníka Václava a mě – „a obezřetně odveďte!“ A jiným pohrozil: „Tebe a tebe utopím!“ Když jsem před ním několikrát poklekl, usilujíce zmírnit jeho hněv, i on posměšně klekl přede mé na obě kolena.
A když byl v kapitule, hned udeřil rukojetí svého meče po hlavě doktora práv děkana mého pražského kostela, Bohuslava, už vetchého starce, tak silně, že mu vytryskl proud krve, a s rukama svázanýma za zády, rozkázal ho odvést do domu pražského purkrabího. Navečer je dal – svázaných na rukou i nohou – před očima všech svému katovi mučit a on sám přiložil ruku i pochodeň k bokům vikáře a oficiale i na jiná místa. A kázal je utopit. A byly by už bývali všichni utopeni, kdyby nebyly – jak říkají lidé – v přítomnosti veřejného notáře slíbili a odpřisáhli, že nikdy neřeknou, že byli zajati nebo mučeni a jak jsem se dověděl, chtěl také, aby mu přísahali, že se postaví proti mně, biskupovi. Oni však, celí přestrašeni, raději žádali provedení veřejné listiny, jak by se měli dát utopit, a – jak říkají lidé – potvrdily ji svou přísahou. Pak je propustili. Pouze ctihodného Jana, doktora a mého vikáře, po strašném mučení a propáleni boku, takže už ani nemohl zůstat naživu, vedly veřejné ulicemi a náměstími města, utopit. Asi o třetí hodině v noci ho z pražského mostu se svázanýma rukama a s hlavou přivázanou k nohám v podobě kola hodili do řeky a utopili.“ (27. článek stížností Bonifácovi IX. z r. 1393)
Možná, že i pod vlivem Janovi smrti vyslovil biskup Ján z Jenštejnu tato slova: „Bezbožník číhá na spravedlivého, snaží se ho zabít. Vizme společnost hříšníků, číhajících na cestě spravedlivých! Hříšník hříšníkem jen tak nepohrdne, naopak, zloděj se spolčuje s lupičem a zrádce se zrádcem, mluvka má rád žvanila a tyran ukrutníka. I zlí lidé mají totiž své oblíbence, takže se vzájemně milují, a kromě sebe nikoho, nýbrž nepřátelsky napadají ty, kteří nehodlají výt s vlky, ale chtějí bečet s ovcemi.
Ovečka spásá zelený pažit, ráda pobíhá, požírá vrboví, aniž ublíží květům, a když něco šťavnatého sežere, všechno přežvýká a nalévá se pak mlékem. A pastýři jdou za ní a těší se z ní. A když je vedena na smrt, mlčí. V takové ovci poznáváme našeho Krista, neboť on byl veden jako ovce na porážku, aniž otevřel ústa. A také učedníci a jiní svatí byli posláni jako ovce mezi vlky. Těmto dobrým ovcím divocí a krvelační vlci nepřejí a stavějí proti nim svůj opačný způsob života.
Vlci se přece nespokojí stejnou potravou, ukládají dokonce ovcím o život a lačněji po jejich krvi a pronásledují je s neutuchající zuřivostí. Jsou přitom jaloví, zarostlí hrubou srstí, mléko nemají, maso mají smrduté, požírají zdechliny, nepřežvykují, stáje nemají, před pastýřem prchají. I lidé bývají vlky, krutostí vlky dokonce předčí a lstivostí překonávají sebesilnější šelmy. Nad všechny šelmy jsou mocné šelmy lidské, neboť strojí úklady duši i tělu: ubližují duši spravedlivých, protože jim špatně radí a zavádějí je na scestí bludu, ubíjejí duši závistí, radí se, jak pomoci někomu na smrt, a posléze hubí i tělo nebo o jeho záhubě rozhodují. Stejně jako nemůže zůstat beránek mezi vlky nedotčený, není si jist ani spravedlivý mezi hříšníky. Hříšník totiž usiluje spravedlivému o život nejrůznějšími intrikami, výslechy, léčkami, trýzněním, vražděním.“ (Ze spisů pražského arcibiskupa Jana z Jenštejna)