Jméno Sebastianus je latinské, ale základ slova je řecký. V řečtině sebastos má tentýž význam jako latinské augustus, znamená tedy vznešený, velebný, posvátný, majestátní. Takovému titulu se těšil římský císař. Šebestián nebyl Říman. Sv. Ambrož zachoval tradici o jeho původu z Milána. Ale podle některých náznaků se zdá pravděpodobnější, že jen jeho matka byla Milánčanka, zatímco on sám se měl narodit ve městě Narbone (nyní jižní Francie), kde byl jeho otec římským úředníkem. Jak známo, ve 3. století patřila Galia, nynější Francie, do Římské říše. Ve 3. století však již jistě sloužil v Římě, v hlavním městě říše v císařském vojsku. Jako přesvědčený křesťan pomáhal pronásledovaným a uvězněným bratrům. V armádě se mu dařilo a Dioklecián ho jmenoval důstojníkem císařské gardy. Císařova spokojenost však netrvala dlouho. Když se dozvěděl o Šebestiánově vyznání, odsoudil ho k smrti.
Právě tato epizoda ze života římského mučedníka se stala oblíbeným tématem mnoha výtvarných umělců. Podrobnější písemné zprávy o Šebestiánově mučednictví se zachovaly z první poloviny 5. století. Podle nich Šebestiána nejprve mučili lukostřelci. Někde mimo město ho přivázali o sloup nebo o strom a stříleli do něj šípy. Přestali až tehdy, když se jim zdálo, že ostřelovaný voják je mrtvý. Ale když ho po odchodu střelců křesťané chtěli pohřbít, spatřili, že ještě žije. Podle legendy sv. Irena, vdova po mučedníkovi sv. Kastulovi, ho přichýlila do svého domu a tam ho léčila.
Římští věřící mu pak radili, aby ve skrytosti odešel z města a tak se zachránil. Ale Šebestián chtěl dovršit své mučednictví. Při jisté příležitosti předstoupil veřejně před císaře, vyznal svou víru a vyčítal mu ukrutnosti, kterých se dopouští vůči křesťanům. Rozčilený vladař dal ubít smělého vyznavače až k smrti. Jeho tělo hodili do kanálu. Křesťané ho však vylovili a pohřbili u Via Appia v podzemním hřbitově zvaném „in Catacumbas“. Přestože místo jeho posledního odpočinku je dodnes hojně navštěvováno mnoha poutníky, přesné datum jeho smrti není známo. Jeho jméno bylo zapsáno v díle Depositio martyrum z roku 354, ale podrobnější zprávy o jeho životě pocházejí až z 5. století.
Veliká úcta ke sv. Šebestiánovi se zpočátku projevovala především návštěvou jeho hrobu, který byl – jako všechny tehdejší katakombové hroby – ve stěně podzemního hřbitova. Aby měli poutníci přístup k místu, kde byly uloženy tělesné pozůstatky mučedníka, již začátkem 4. století byl prostor u hrobu rozšířen na kryptu. Tu spojili schody s bazilikou svatých apoštolů, kterou postavili v polovině 4. stol. nad katakombami, kde byl pohřben sv. Šebestián. Později přejmenovali baziliku podle tohoto světce. Kostel patří k sedmi poutním bazilikám raně křesťanského období a v kamenné rakvi pod oltářem se v boční kapli uchovává vzácné relikvie světce.
Díky své profesi se sv. Šebestián stal patronem vojáků. Pro mučednictví, které podstoupil, si ho za patrona zvolili i lukostřelci. O přímluvu ho však žádají i váleční invalidé, kovodělníci, hrnčíři a umírající. Jeho úcta jako k ochránci před mořem a jinými epidemiemi vzrostla v 7 století, kdy po procesí s relikviemi světce po ulicích Říma zázračně ustoupila morová nákaza. V den svátku sv. Šebestiána, který se v západní tradici slaví 20. ledna a ve východní 18. prosince, se dodržovala řada zvyků, jako byly pouti, rozdávání Šebestiánových chlebů. Jako ochrana proti nakažlivým chorobám se kdysi nosil tzv. Šebestiánův šíp.