Meno Sebastianus je latinské ale základ slova je grécky. V gréčtine sebastos má ten istý význam ako latinské augustus, znamená teda vznešený, velebný, posvätný, majestátny. Takémuto titulu sa tešil rímsky cisár. Šebastián nebol Riman. Sv. Ambróz zachoval tradíciu o jeho pôvode z Milána. Ale podla niektorých náznakov sa zdá pravdepodobnejšie, že len jeho matka bola Milánčanka, kým on sám sa mal narodiť v meste Narbone (terajšie južné Francúzsko), kde bol jeho otec rímskym úradníkom. Ako je známe, v 3. storočí patrila Galia, terajšie Francúzsko, do Rímskej ríše. V 3. storočí však už iste slúžil v Ríme, v hlavnom meste ríše v cisárskom vojsku. Ako presvedčený kresťan pomáhal prenasledovaným a uväzneným bratom. V armáde sa mu darilo a Dioklecián ho vymenoval za dôstojníka cisárskej gardy. Cisárova spokojnosť však netrvala dlho. Keď sa dozvedel o Šebastiánovom vierovyznaní, odsúdil ho na smrť.
Práve táto epizóda zo života rímskeho mučeníka sa stala obľúbenou témou mnohých výtvarných umelcov. Podrobnejšie písomné správy o Šebastiánovom mučeníctve sa zachovali z prvej polovice 5. storočia. Podľa nich Šebastiána najprv mučili lukostrelci. Niekde mimo mesta ho priviazali o stĺp alebo o strom a strieľali doňho šípmi. Prestali až vtedy, keď sa im zdalo, že ostreľovaný vojak je mŕtvy. No keď ho po odchode strelcov kresťania chceli pochovať, zbadali, že ešte žije. Podľa legendy to bola sv. Irena, vdova po mučeníkovi sv. Kastulovi, ktorá ho prichýlila do svojho domu a tam ho liečila.
Rímski veriaci mu potom radili, aby v skrytosti odišiel z mesta a tak sa zachránil. Ale Šebastián chcel dovŕšiť svoje mučeníctvo. Pri istej príležitosti predstúpil verejne pred cisára, vyznal svoju vieru a vyčítal mu ukrutnosti, ktorých sa dopúšťa voči kresťanom. Rozčúlený vladár dal ubiť smelého vyznavača až na smrť. Jeho telo hodili do kanála. Kresťania ho však vylovili a pochovali pri Via Appia v podzemnom cintoríne nazývanom „in Catacumbas“. Hoci miesto jeho posledného odpočinku je dodnes hojne navštevované mnohými pútnikmi, presný dátum jeho smrti nie je známy. Jeho meno bolo zapísané v diele Depositio martyrum z roku 354, no podrobnejšie správy o jeho živote pochádzajú až z 5. storočia.
Veľká úcta k sv. Šebastiánovi sa spočiatku prejavovala predovšetkým návštevou jeho hrobu, ktorý bol – ako všetky vtedajšie katakombové hroby – v stene podzemného cintorína. Aby mali pútnici prístup k miestu, kde boli uložené mučeníkove telesné pozostatky, už začiatkom 4. storočia bol priestor pri hrobe rozšírený na kryptu. Tú spojili schodmi s bazilikou svätých apoštolov, ktorú postavili v polovici 4. stor. nad katakombami, kde bol pochovaný sv. Šebastián. Neskôr premenovali baziliku podľa tohto svätca. Kostol patrí k siedmim pútnickým bazilikám ranokresťanského obdobia a v kamennej rakve pod oltárom v bočnej kaplnke uchováva vzácne relikvie svätca.
Vďaka svojej profesii sa sv. Šebastián stal patrónom vojakov. Pre mučeníctvo, ktoré podstúpil, si ho za orodovníka zvolili aj lukostrelci. O príhovor ho však žiadajú aj vojnoví invalidi, kovorobotníci, hrnčiari a umierajúci. Jeho úcta ako k ochrancovi pred morom a inými epidémiami vzrástla v 7. storočí, keď po procesii s relikviami svätca po uliciach Ríma zázračne ustúpila morová nákaza. V deň sviatku sv. Šebastiána, ktorý sa v západnej tradícii slávi 20. januára a vo východnej 18. decembra, sa dodržiavalo množstvo zvykov, ako boli púte či rozdávanie Šebastiánových chlebov. Ako ochrana proti nákazlivým chorobám sa kedysi nosil tzv. Šebastiánov šíp.