Narodil sa v roku 1542 vo Frontiveros v Španielsku. Keď mal 21 rokov, vstúpil ku karmelitánom. Ich vtedy uvoľnený rehoľný život ho sklamal, a preto uvažoval o prestupe k prísnejším kartuziánom. V roku 1568 sa stretol so sv. Teréziou od Ježiša a ta v ňom vzbudila záujem o reformu karmelitánského rádu. Spolubratia sa tomu postavili na odpor, a dokonca ho na 3 mesiace zavreli do kláštorného väzenia. Tam napísal svoje najkrajšie mystické básne. Jeho najznámejšie spisy (Výstup na horu Karmel, Temná noc, Duchovná pieseň a Plameň lásky) sú komentárom k týmto básniam. Príkoria, ktoré musel znášať, mu pomohli k hlbokému spojeniu s Bohom a priviedli ho na vrchol mystického života. Zomrel 14. XII. 1591 v kláštore v Ubede. V roku 1726 bol vyhlásený za svätého a v roku 1926 za učiteľa cirkvi.
Z Duchovného spevu svätého kňaza Jána z Kríža: „Hoci svätí učitelia odkryli už mnohé tajomstvá a divy a nábožné duše ich poznali už v tomto živote, ostáva ešte oveľa viac toho, čo nevyslovili, ba vôbec nepochopili. Preto treba hlboko kopať v Kristovi, ktorý je ako bohatá baňa s nesmiernymi ložiskami pokladov. A možno v nej kopať akokoľvek hlboko, nikdy nenájdeme koniec ani hranicu a v každej novej vrstve sa zjavia nové žily s novým bohatstvom. Preto hovorí apoštol Pavol o Kristovi: „V ňom sú skryté všetky poklady múdrosti a poznania Boha.“ K týmto pokladom sa nemôže dostať nik, nikomu sa nemôže podariť dosiahnuť ich, kým neprekoná množstvo útrap a neprejde vonkajším i vnútorným utrpením, kým nedostane od Boha rozumové a citové dary a kým neprejde dlhým duchovným cvičením. Ale toto všetko sú len predpoklady na poznanie vznešených Kristových tajomstiev, čo je najväčšia múdrosť, akú možno v tomto živote nadobudnúť.
Kiež by už ľudia konečne pochopili, že je úplne nemožné dosiahnuť nesmierne Božie bohatstvo a múdrosť, ak sa neodhodláme na úpornú námahu a mnohoraké utrpenia, pričom duša odkladá svoje útechy a svoje túžby. Teda duša, ktorá dychtí po Božej múdrosti, najprv opravdivo túži vstúpiť do tmy kríža. Preto svätý Pavol povzbudzuje Efezanov, „aby neochabovali v súžení“, ale aby boli silní a „zakorenení a upevnení v láske. Tak budú môcť so všetkými svätými pochopiť, aká je to šírka, dĺžka, výška a hĺbka, spoznajú Kristovu lásku, presahujúcu každé poznanie, a naplní ich plnosť Božia celá.“ Brána, ktorou sa môžeme dostať k bohatstvu Božej múdrosti, je kríž. Je to úzka brána. Preto hoci mnohí túžia po šťastí, ku ktorému sa možno cez túto bránu dostať, veľmi málo je tých, čo chcú cez ňu prejsť.“ Toľko sv. Ján z Kríža.
Možno celý problém je v tom, že máme predstavu o tom, akoby Boh mal konať. A Pán Boh nikdy v nás nekoná podľa našej predstavy a ani nezapadne do nášho očakávanie. I. prikázanie desatora zakazuje robiť si obraz Boha, lebo Boha nevystihne žiaden náš obraz. Musíme sa zriecť všetkých svojich predstáv a až potom začneme vnímať a možno aj trochu chápať Božiu činnosť v nás, ktorá sa líši od všetkého, čo sme chceli my a čo sme si dokázali predstaviť.
Niekedy sa dopúšťame chyby, že duchovné veci hodnotíme podľa intenzity citového zážitku. Myslíme si: „Tam sa človek tak dobre cíti, tam musí byť Božie pôsobenie.” Zatiaľ skutočnosť je taká, že Božie pôsobenie v našej duši, môže byť ľudský povedané vrcholne boľavé, a predsa vedie k uzdraveniu. Práve sv. Ján z Kríža učí, že k Bohu sa ide cez duchovnú púšť a noc zmyslov. Vtedy človeka neteší nič, ani modlitba, ani rozjímanie a ani zo svätého prijímania nemá žiadny citový zážitok a predsa sa približuje ku zdroju absolútnej blaženosti. K Bohu sa ide cez očistec a kto to myslí s Pánom Bohom aspoň trochu vážne, vstupuje do očistca už tu na zemi. Ak to Bohu dovolíme, ak sa mu odovzdáme, začne čistiť svoju ratolesť, aby prinášala ešte viac úrody. A toto je paradox mystiky. Rozhodli sme sa hľadať absolútnu blaženosť a krásu, ale narazili sme na nehostinnú púšť. Rozhodli sme sa hľadať Večne Blaženého Boha a narážame na peklo vlastnej duše. Ale ak chceme prísť ku prameňu blaženosti musíme prejsť púšťou a utrpením očistca. Majme odvahu prosiť Boha, aby nás aj za cenu bolesti priviedol k sebe.