Narodil sa v polovici 14. storočia v Pomuku (neskôr Nepomuk) v Čechách. V rokoch 1369 – 1380 bol verejným notárom a zároveň pracoval v úrade generálnych vikárov. Po vysvätení na kňaza působil v Prahe, bol farárom u sv. Havla (1380 – 1390) a kanonikom kapituly u sv. Jiljí (1382 – 1389) a na Vyšehrade (1389 – 1393). Arcibiskup Ján z Jenštejna ho menoval svojim generálnym vikárom (1389 – 1393). Keď vyvrcholilo napätie medzi kráľom Václavom IV. a arcibiskupom, stál na strane arcibiskupa a obhajoval slobodu a nezávislosť cirkvi od kráľovej svojvôli, zatiaľ čo kráľ sa snažil ovládnuť cirkev a získať na svoju stranu časť vyššieho duchovenstva. Bol podrobený výsluchu a mučeniu za osobnej účasti kráľa. Jeho telo bolo 20.03.1393 vhodené do Vltavy, potom dočasne pochované a neskôr (snáď 1396) prenesené a pochované v katedrále. V nasledujúcich rokoch sa začalo hovoriť o ďalšej príčine jeho mučeníckej smrti, že totiž nechcel porušiť spovedné tajomstvo. V roku 1721 bol vyhlásený za blahoslaveného a 19.03.1729 za svätého.
O mučení a smrti sv. Jána Nepomuckého sa nám zachovalo očité svedectvo od arcibiskupa Jána z Jenštejna, ktoré adresoval pápežovi Bonifácovi IX. roku 1393 ako svoju sťažnosť: „Na nasledujúci deň mi určili termín, keď sa malo prostredníctvom kráľovskej rady rokovať o urovnaní a zmierení s kráľom, moravským markgrófom a kráľovským komorníkom. S mojimi radcami ma predviedli pred kráľa na uzavretie konečného mieru. Ako som tam bol so svojimi vikármi a s inými, kráľ zrušil dohodu, ktorej uzavretie zveril svojej rade, a povedal, že s onou pokonávkou a zmierením nie je spokojný. A vravel toto: „Ty, arcibiskup, vylučuješ z Cirkvi mojich úradníkov bez môjho vedomia a potvrdil si kladrubského opáta!“ A mnoho iných vyhrážok povedal majstrovi mojej kúrie: „Odstúp odo mňa, lebo ti zaraz dám zraziť hlavu!“ Potom sa pozrel na tých, čo ma sprevádzali, a povedal: „Týchto štyroch zatknite“ – totiž môjho oficiála Mikuláša Puchníka, doktora cirkevného práva môjho vikára Jána, míšenského prepošta môjho kanonika Václava a mňa – „a obozretne odveďte!“ A iným pohrozil: „Teba a teba utopím!“ Keď som pred ním niekoľko ráz pokľakol, usilujúc sa zmierniť jeho hnev, aj on posmešne kľakol predo mňa na obe kolená.
A keď bol v kapitule, hneď udrel rukoväťou svojho meča po hlave doktora práv dekana môjho pražského kostola Bohuslava, už vetchého starca, tak silno, že mu vytryskol prúd krvi, a s rukami zviazanými za chrbtom rozkázal ho odviesť do domu pražského kastelána. Navečer ich dal – zviazaných na rukách i nohách – pred očami všetkých svojmu katovi mučiť a on sám priložil ruku i fakľu k bokom vikára a oficiála i na iné miesta. A kázal ich utopiť. A boli by už bývali všetci utopení, keby neboli – ako vravia ľudia – v prítomnosti verejného notára sľúbili a odprisahali, že nikdy nepovedia, že boli zajatí alebo mučení; a ako som sa dozvedel, chcel tiež, aby mu prisahali, že sa postavia proti mne, biskupovi. Oni však, celí prestrašení, radšej žiadali vyhotovenie verejnej listiny, ako by sa mali dať utopiť, a – ako hovoria ľudia – potvrdili ju svojimi prísahami. Potom ich prepustili.
Iba ctihodného Jána, doktora a môjho vikára, po strašnom mučení a prepálení boku, takže už ani nemohol zostať nažive, viedli verejne ulicami a námestiami mesta utopiť. Asi o tretej hodine v noci ho z pražského mosta so zviazanými rukami a s hlavou priviazanou k nohám v podobe kolesa hodili do rieky a utopili.“ (27. článok sťažností Bonifácovi IX. Z roku 1393)
Možno, že aj pod vplyvom zážitku Jánovej smrti, vyslovil v jednej svojej kázni biskup Ján z Jenštejn tieto slová: „Bezbožník číha na spravodlivého, snaží sa ho zabiť. …. Viďme spoločnosť hriešnikov, číhajúcu na ceste spravodlivých! Hriešnik hriešnikom len tak nepohrdne, naopak, zlodej sa stretáva so zlodejom a zradca so zradcom, táraj má rád táraja a tyran ukrutníka. Aj zlí ľudia majú totiž svojich obľúbencov, takže sa vzájomne milujú, a okrem seba nikoho, ale nepriateľsky napádajú tých, ktorí nehodlajú vyť s vlkmi, ale chcú bečať s ovcami.
Ovečka spása zelenú pažiť, rada pobehuje, požiera vrbinu, bez toho, aby ublížila kvetom, a keď niečo šťavnaté zožerie, všetko prežuje a nalieva sa potom mliekom. A pastieri idú za ňou a tešia sa z nej. A keď je vedená na smrť, tak mlčí. V takejto ovcu spoznávame nášho Krista, lebo on bol vedený ako ovca na zabitie bez toho, aby otvoril ústa. A tiež učeníci a iní svätí boli poslaní ako ovce medzi vlkov. Týmto dobrým ovciam, divokí a krvilační vlci neprajú a stavajú proti nim svoj opačný spôsob života.
Vlci sa predsa neuspokoja rovnakou potravou, ukladajú dokonca ovciam o život a lačnejú po ich krvi a prenasledujú ich s neutíchajúcou zúrivosťou. Sú pritom jalový, zarastení hrubou srsťou, mlieko nemajú, mäso majú páchnuce, požierajú zdochliny, neprežúvajú, stajne nemajú, pred pastierom utekajú. Aj ľudia bývajú vlkmi, krutosťou vlkov dokonca predčia a ľstivosťou prekonávajú akokoľvek silné šelmy. Nad všetky šelmy sú mocnejšie ľudské šelmy, pretože stroja úklady duši i telu: ubližujú duši spravodlivých, pretože im zle radia a zavádzajú ich na scestie bludu, ubíjajú dušu závisťou, radia sa, ako pomôcť niekomu na smrť, a potom ničia aj telo alebo o jeho záhube rozhodujú. Rovnako, ako nemôže zostať baránok medzi vlkmi nedotknutý, nie je si istý ani spravodlivý medzi hriešnikmi. Hriešnik totiž usiluje spravodlivému o život najrôznejšími intrigami, výsluchmi, pascami, trýznením, vraždením.“ (Zo spisov pražského arcibiskupa Jána z Jenštejna)